Pengambilan contoh uji air adalah pekerjaan yang tidak mudah untuk dilakukan, hal ini disebabkan karena polutan dari air memiliki karakteristik yang sangat mudah berubah. Hal ini dapat dipengaruhi oleh situasi dan kondisi sekitarnya, seperti jumlah polutan yang tekandung, sifat kimia/biologi maupun fisika, dan intervensi manusia.

Mekanisme migrasi dari polutan air pada umumnya terjadi melalui hujan, angin, intervensi manusia yang berupa pipa limbah cair dan beberapa jenis air, dan lain-lain. Selain dari faktor migrasi juga ada problem analitik yang muncul ketika dalam analisis di laboatorium yaitu kadar polutan. Kadar dari polutan yang terkandung didalam air dapat bedampak mengalami degradasi, deteriosasi, dan kontaminasi saat pengambilan sampel. Dalam pengambilan contoh uji air harus dilakukan secara representative, hal ini menyebabkan permasalahan untuk mendapatkan contoh air yang homogen.

Peralatan untuk pengambilan contoh uji yang sudah memenuhi syarat, personel yang berkompeten dibidangnya,prosedur yang benar, serta selektifitas dan sensivitas dalam metode pengujian bisa mengatasi permasalahan yang kompleks